C'est chiant, mais normal. C'est le principe de base du moteur transactionnel innodb. En clair dans un moteur transactionnel (comme oracle par exemple), les données sont écrites 2 fois (une fois dans le fichier de donnée et une fois dans le fichier log des transactions).Donc le fichier data grossis ..... L'impact de ce genre de moteur est qu'on ne peut faire redescendre la taille du fichier de données de manière simple (genre un delete, truncate, etc....) car si on doit faire un rollback et bien il faut avoir la place de remettre les données dans le fichier de données a partir du log. Concernant les bases centreon et centstorage on ne peut rien y faire car centreon utilise les transactions. Par contre concernant la base ndo ou centstatus (qui est également en innodb) on peut très bien basculer les tables en myisam (ndo2db n'utilise pas les transactions).
pour être clair il faut planifier des actions de maintenance (non gérées par centreon) afin de faire redescendre la taille des fichiers data à quelque chose de raisonnable (en fonction du périmètre cela peut être hebdomadaire). Mais pour cela il vaut mieux faire appel à un DBA et savoir gérer des interuptions de service.